ผลไม่พึงประสงค์สำหรับวัคซีนนี้คล้ายกับวัคซีนที่ให้กับผู้ใหญ่อื่น ๆ[31]ในช่วงการทดลองทางคลินิก ผลข้างเคียงที่จัดว่าสามัญมาก[upper-alpha 1]รวมทั้ง (ตามลำดับอัตราการเกิด) เจ็บและบวมที่จุดฉีด เหนื่อย ปวดศีรษะ ปวดกล้ามเนื้อ หนาวสะท้าน ปวดข้อ และเป็นไข้[91]หลังจากฉีดวัคซีนครั้งที่สอง การเป็นไข้เกิดบ่อยขึ้น[91]ผลเยี่ยงนี้ปกติ จึงเป็นเรื่องควรรู้ล่วงหน้าเพื่อไม่ให้ประชาชนกังวลเกี่ยวกับการฉีดวัคซีน[124]

การแพ้อย่างรุนแรง (แอนาฟิแล็กซิส) เกิดราว ๆ 11 กรณีต่อวัคซีนล้านโดสที่ฉีด[125][126]ตามรายงานของศูนย์ควบคุมและป้องกันโรคสหรัฐ กรณีร้อยละ 71 เกิดภายใน 15 วันหลังฉีดวัคซีน และโดยมากคือร้อยละ 81 เกิดกับคนที่มีประวัติภูมิแพ้หรือเกิดปฏิกิริยาแพ้[125]สำนักงานควบคุมผลิตภัณฑ์การแพทย์และดูแลสุขภาพ (MHRA) แห่งสหราชอาณาจักรจึงแนะนำในวันที่ 9 ธันวาคม 2020 ว่า ผู้ที่มีประวัติเกิดปฏิกิริยาแพ้อย่างสำคัญ (significant) ไม่ควรรับวัคซีนโควิด-19 ของไฟเซอร์-ไบออนเทค[127][128][129]วันที่ 12 ธันวาคม องค์กรควบคุมของแคนาดาก็ทำเช่นเดียวันกันโดยให้ข้อสังเกตว่า "บุคคลทั้งสองในสหราชอาณาจักรมีประวัติเกิดปฏิกิริยาแพ้อย่างรุนแรงและต้องมีเข็มฉีดเอพิเนฟรีนอยู่กับตัวทั้งสองได้รักษาและฟื้นตัวแล้ว"[90]

สำนักงานการแพทย์ยุโรป (EMA) ตรวจทบทวนข้อมูลความปลอดภัยของวัคซีนนี้อยู่เรื่อย ๆ[3]รายงานวันที่ 4 มีนาคม 2021 ขององค์กรสรุปว่า "ประโยชน์ของโคเมอร์เนทีในการป้องกันโควิด-19 ยังคงมีมากกว่าความเสี่ยง จึงไม่มีการเปลี่ยนแปลงการใช้วัคซีนนี้ที่แนะนำ"[3]สำนักงานได้เพิ่มผื่นที่ผิวหนังและอาการคันว่าเป็นผลข้างเคียงที่ไม่สามัญ (เกิดน้อยกว่า 1 ใน 100 คน), ลมพิษและ angioedema (การบวมใต้ผิวหนังอย่างรวดเร็ว) ว่าเป็นผลข้างเคียงที่มีน้อย (เกิดน้อยกว่า 1 ใน 1,000 คน) ในเดือนเมษายน 2021[3][130]